我院神经内科由我国著名神经病学专家慕容慎行教授于1971年创立，成立有福建省神经病学研究所，是福建医科大学神经病学博士、硕士学位授予点，是集医疗、教学、科研于一体的国家临床重点专科和福建省临床重点专科，也是福建省神经医学中心，2020年获批国家神经疾病区域医疗中心。科室已形成以神经遗传和神经免疫为突出特色的九大亚专业，常年为中华医学会神经遗传组长单位、中国医师协会神经遗传专委会组长单位、福建省医学会神经病学分会挂靠单位。目前还是全国疑难病症诊治能力提升工程项目单位、全国罕见病协作网省级牵头单位，中华医学会罕见病分会委员单位、福建省医学会罕见病分会挂靠单位；也是福建省神经系统疾病医疗质量控制中心与福建省罕见病医疗质量控制中心挂靠单位。

科室拥有高素质人才队伍，其中有国家“万人计划”领军人才、百千万人才国家级人选、国家杰青、国家优青、国家海外优青及中国青年科技奖获得者。承担国家重点研发计划课题、国家自然科学基金杰出青年基金、优秀青年基金、重点项目、区域联合重点项目、面上及青年项目百余项，以及系列省级重大、重点科研项目。在NEJM、Nat Genet、BMJ、JAMA Neurol、Neuron、Cell Res、Cell Discov、Natl Sci Rev、Ann Neurol、Neurology等国际高水平期刊上发表学术论文300余篇；获得包括福建省科技进步一等奖在内的30余项科研奖励。科室连续多年在复旦版“年度最佳专科排行榜”中名列华东区前5名并获全国提名，2022年实现突破，跻身全国十强，位列华东区第三。

（以上数据更新截至2023年6月30日）