2007年，经公开征集、集体讨论、院内公示等一系列程序，医院确定了作为医院视觉形象识别（VI）的院徽图案。

医院院徽为圆形，以中英文“福建医科大学附属第一医院”、“ The First Affiliated Hospital of Fujian Medical University ”、缩写字母FY、福建地图、蛇杖、橄榄枝及1937等主元素构成，体现以下含义：

（1）整个标志点明了医院名称、突出医院悠久历史——建院时间为1937年。

（2）FY既是医院院名缩写，又形似白鸽；上方的蛇杖，点明医疗卫生行业特征；更如附一人的一双手，守护人民的健康，托起生命的希望。

（3）地图表明医院立足福建，面向全国、走向世界的开阔眼界。

（4）蓝绿色主体配以鸽形和橄榄枝，给人稳重、安祥之感，象征和谐、关爱和生命之树常青。