福建医科大学呼吸系病研究所的前身是福建医科大学呼吸系病研究室，成立于1999年，挂靠福建医科大学附属第一医院呼吸与危重症医学科，前任室主任陈美云教授、林其昌教授，现任负责所长邓朝胜教授。研究所为福建医科大学医学博士、硕士培养点，福建省临床重点专科建设项目，国家呼吸临床研究中心核心单位、分中心，也是CFDA认定的国家药物临床试验专业基地，是国家首批PCCM（呼吸与危重症医学科）规范化建设三级医院优秀单位，睡眠呼吸疾病、肺功能检查单项规范化进修基地；先后被评为全国肺栓塞与肺血管病防治协作组示范性区域单位和优秀成员单位，是国家“十三五”和“十四五”关于肺血栓栓塞症规范化诊疗研究课题的分中心；同时也是慢性阻塞性肺疾病/支气管哮喘疾病规范管理项目示范单位、“自由呼吸中国行”项目定点医院、全国肺功能检查规范化培训单位及福建省睡眠呼吸疾病诊治中心挂靠单位。连续6年荣获复旦专科声誉排行版（华东区）提名。2020年获得中国医师协会评选的“人文爱心科室”。

研究所拥有一支高素质的人才队伍，现有人员31人，其中高级职称10人，中级职称5人，教授4名，副教授2名，博士生导师4名，硕士生导师7名。主要在慢性间歇低氧、肺栓塞与肺动脉高压、间质性肺疾病、慢性气道疾病、肺结节早期诊断等呼吸系统疾病开展临床与基础研究，目前已建立了分子、细胞、动物及临床标本的多层次临床和基础研究体系，为建立福建省呼吸疾病研究中心奠定了扎实的基础，其中在福建省内率先进行了睡眠呼吸暂停综合征的流行病学调查及相关靶器官损害，于2015年获得福建省科技进步奖二等奖；在福建省内率先开展了肺动脉高压右心导管检查＋急性肺血管反应试验，省内成功诊治慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）例数最多，成功诊治了许多复杂、危重肺栓塞、重度肺动脉高压并右心衰竭或合并妊娠、恶性肿瘤等患者，在国内20多家大医院推广应用，并创新性地建立了CTEPH研究模型，该系列研究于2019年获得福建省科技进步奖二等奖；开展联合R-EBUS、病灶体表三维定位、ROSE等技术经支气管镜应用于早期诊断肺部外周结节病灶的研究并较早将EBUS-TBNA应用于纵隔淋巴结病变的诊断。另获福建省医学科技奖三等奖3项。研究所近年来承担国家自然科学基金项目8项、福建省科技厅课题、福建省卫计委课题等10余项。发表文章100余篇，其中SCI文章60余篇。临床方面，设有呼吸重症监护病房（RICU）、肺功能室、支气管镜室、睡眠呼吸疾病诊治病房、内科胸腔镜室，同时开展肺小结节多学科诊疗门诊及睡眠呼吸疾病、肺血管疾病、慢性咳嗽、过敏性疾病、间质性肺疾病等专病门诊, 在肺血管疾病、睡眠呼吸障碍性疾病、慢性气道疾病、间质性肺疾病、呼吸危重症、肺癌早期诊断等方面的医疗水平位列省内前茅。研究所负责人邓朝胜教授，为福建医科大学附属第一医院呼吸与危重症医学科主任医师、教授、博士研究生导师（学术型及专业型），科研处副处长。中国医师协会呼吸医师分会第一届、第二届全国委员，中国医师协会呼吸医师分会青年委员会副主任委员，中国康复医学会呼吸专委会常委兼呼吸慢病学组副组长，中国医师协会呼吸医师分会肺栓塞与肺血管病学组委员，中华医学会呼吸病学分会基层学组委员，中华预防医学会呼吸疾病预防与控制专委会委员，福建省医院协会呼吸病学研究分会主任委员，福建省医学会呼吸分会肺栓塞与肺血管病学组组长，福建省海峡医药卫生交流协会呼吸分会副会长，福建省康复医学会呼吸康复专委会副主任委员，福建省预防医学会呼吸疾病预防与控制专委会副主任委员，福建省医师协会呼吸医师分会常务委员等。主持完成2项国家自然科学基金课题面上项目，是国家“十三五”和“十四五”关于肺血栓栓塞症规范化诊疗研究课题分中心负责人，主持多项福建省科技厅重点课题、自然科学基金、省卫健委重点等省部、厅级课题研究。以第一/通讯作者发表论文40余篇。被评为中华医学会等主办首届国家名医高峰论坛之“国之名医-青年新锐”、中国医师协会“优秀中青年呼吸医师”、福建省高层次人才、闽江科学传播学者、福建医科大学优秀共产党员、福建医科大学、第一临床医学院优秀教师、福建医科大学附属第一医院“优秀青年科技工作者”、“优秀科普工作者”、福建省科学技术进步二等奖和福建省医学科技奖二、三等奖。

目前研究所有基因扩增仪（PCR仪）、核酸/蛋白凝胶图像分析管理、超低温冰箱（-66℃）（DW-86L）、细胞培养超净工作台一台（苏进牌）、二氧化